1601년 가토 기요마사가 무로마치 시대에 세워진 치바성과 구마모토성이 있던 챠우스산(山) 일대에 성을 쌓아 1607년에 구마모토성을 완공했다. 가장 높은 곳에 있는 혼마루(주성)에는 대천수각과 소천수각을 세우고 각 성곽에는 우토 성루를 비롯하여 3층 천수각에 필적할 5단 성루를 5기나 나란히 세웠다. 가토 씨가 파면된 후에는 호소카와 씨가 들어오고 메이지유신을 맞았다. 1877년 세난 전쟁 때 신 정부군을 물리쳐 성의 견고함은 증명되었지만 혼마루의 대부분이 소실되었다. 그러나 여전히 우토 성루를 비롯하여 12기의 성루가 남아 있고, 세쇼류(淸正流)로 불리는 높은 석벽도 거의 완전한 모습으로 남아 있다. 1960년에 대천수와 소천수이 재건되었다. 현재 니시데마루 성루와 문이 복원되었고 혼마루 궁전의 완성도 머지 않았다.